En mai 1986, l'Ecole Maternelle ARC-EN-CIEL est née à Lomé - Togo - dans le quartier de Kodjoviakopé, sur un terrain de 1800 mètres carrés qui était autrefois un jardin, avec la construction de quatre classes allant de la petite section à la grande section de la première année, ainsi qu'un bureau et une cabane. Les travaux ont été achevés fin Août de la même année avec la construction de toilettes, d'une aire de jeux et l'aménagement d'un grand jardin d'herbe verte qui servira de terrain de jeu aux élèves. Quelques années plus tard, en 1990, l'Ecole Primaire d'ARC-EN-CIEL est construite à 800 mètres du jardin d'enfants, avec quatre classes, un secrétariat et une direction, des toilettes, un dépôt et un terrain de sport. Une cinquième classe a été ajoutée l'année suivante.

Au fil des ans, considérant l'avancement des élèves dans les classes supérieures et suite à la demande des parents de continuer à offrir à leurs enfants une éducation de qualité au niveau Secondaire, la construction de chambres supplémentaires - placées au premier étage sur l'Ecole Primaire et destiné à accueillir des classes de Collège - a été lancé en 1994 pendant les vacances d'été. Une bibliothèque, une salle informatique et un laboratoire scientifique ont été ajoutés l'année suivante. Afin de rassembler le Collège et le Lycée dans le même campus, une nouvelle Ecole Primaire a été construite à 200 mètres du Lycée avec tout l'équipement nécessaire. Ainsi, l'ancien bâtiment est devenu l'Ecole Secondaire.

En juin 1999, l'ARC-EN-CIEL est devenue une école véritablement internationale suite à l'autorisation d'enseigner le Programme du Baccalauréat International (BI), largement reconnue comme un programme de haut niveau utilisé dans les meilleures écoles du monde. Un an plus tard, AEC présentait ses premiers candidats à l'examen de diplôme dudit programme, offrant à ses étudiants de Lomé l'opportunité d'accéder aux meilleures universités du monde.

Pour faciliter l'accès à ses structures aussi aux étudiants venant de l'extérieur de Lomé, l'école a commencé en 2002 à fournir des services d'internat, avec la construction de quatre appartements équipés sur le campus de l'Ecole Primaire; la construction d'un bâtiment supplémentaire avec deux classes supplémentaires et un nouvel appartement de six chambres suivi.

En 2004, ARC-EN-CIEL a élargi son offre pédagogique à Lomé en ouvrant sa section en Anglais avec la «Green School», qui utilise également le programme BI. Cette section a progressé au fil des ans avec l'ajout d'un nombre croissant d'étudiants, en couvrant aujourd'hui toutes les classes de la Maternelle au Lycée. Le bâtiment le plus récemment ajouté (en 2014-2015) dans la partie Est du campus de l'Ecole Secondaire accueille ces élèves.

L'Ecole Internationale Arc-en-ciel est actuellement la première et seule école Francophone en Afrique de l'Ouest à avoir reçu les autorisations officielles pour enseigner le programme BI à tous les niveaux: au Lycée en 1999, Collège en 2013 et Maternelle et Primaire en 2016. C'est cette particularité, ainsi que ses structures modernes et son équipe d'enseignants et de managers hautement qualifiés, qui font de l’Ecole Internationale Arc-en-Ciel la meilleure école internationale du pays.

Depuis plus de 30 ans, l'école accueille des étudiants de plus de 40 nationalités différentes. Les diplômés de l'Ecole Internationale Arc-en-Ciel poursuivent leurs études dans des universités reconnues en France, aux États-Unis, au Canada, en Grande-Bretagne, en Suisse, au Maroc, au Sénégal, au Burkina Faso, au Togo et ailleurs.